通往合成生物学之路

SynBioPath

通往合成生物学之路

让知识的门槛更低，让科学的探索更纯粹。

1. AI 搜索

12 项

1.1 国外模型

5 项

01ChatGPT常用常用OpenAI 最强通用模型，科研润色、逻辑推理首选。AI 02GeminiGoogle 多模态大模型，擅长长文本处理与文献分析。Google 03Google AI Studio开发者版 Gemini，可免费使用 Pro 模型，上下文窗口大。API 04GrokxAI 推出的模型，具备实时推特信息流接入能力。Twitter 05Perplexity结合实时联网搜索的 AI，精准提供文献出处。搜索

1.2 国内模型

5 项

01DeepSeek常用常用深度求索，国产开源模型之光，代码与数学能力极强。国产 02秘塔 AI 搜索无广告的 AI 搜索引擎，结构化展示搜索结果。国产 03豆包字节跳动出品，语音交互体验好，适合日常问答。国产 04Kimi月之暗面出品，支持超长无损上下文，擅长读长论文。国产 05通义千问阿里巴巴出品，综合能力强，适合商业与文档分析。国产

1.3 提示词

2 项

01研究性论文深度解读扮演资深博士后，对文献图表、数据、机理进行全覆盖解读，生成学位论文水准的报告。论文阅读 02综述性论文结构化精读将复杂的综述文章拆解为逻辑严密，信息详实的中文学术报告，适合快速掌握领域前沿。综述

2. 学术搜索

15 项

2.1 学术搜索 (外文文献)

7 项

01Google Scholar常用常用全球最大的学术文献索引数据库，科研必备。文献 02PubMed常用常用NIH 维护的生物医学文献数据库，是生命科学领域最权威的文献检索平台。生物医学 03X-mol常用常用综合性学术平台，提供文献资讯、学术社区和科研功能。学术 04Web of Science全球最权威的学术引文数据库，科研评价与文献调研必备。引文 05Semantic ScholarAI 驱动的免费学术搜索引擎，提供精准的文献一句话总结 (TLDR) 和引用意图分析。AI 06Bing 学术微软必应推出的学术搜索，界面简洁，资源覆盖广。搜索 07ProQuest全球领先的学术数据库平台，涵盖期刊论文、学位论文（PQDT）和电子书，覆盖人文社科、生物医学等多个领域。学位论文

2.2 学术搜索 (中文文献)

4 项

01中国知网 (CNKI)常用常用中国最大的中文学术文献库，查硕博论文必备。中文 02万方数据综合性中文学术资源库，涵盖期刊、专利、标准。中文 03百度学术汇聚海量中英文文献，提供免费的论文查重入口。聚合 04PubScholar中国科学院公益学术平台，免费获取 8000 万篇全文，集成科大讯飞翻译引擎。免费

2.3 期刊分区

1 项

01新锐期刊分区表公益、免费、开放的学术期刊评价与分区参考平台，覆盖 22299 种期刊，支持期刊检索与学科浏览。期刊分区

2.4 AI 文献分析与网络图谱

3 项

01SciSpace读 PDF 文献的神器。自带 AI Copilot，可划词翻译、解释图表公式、总结核心结论。PDF精读 02Connected Papers极佳的文献拓扑网络可视化工具。输入一篇文献，瞬间为你梳理该领域的来龙去脉。文献拓扑 03Elicit你的 AI 博士后助理，能够从海量文献中自动提取实验数据、方法和结果并汇总成表格。数据提取

3. 文献下载

10 项

3.1 直接下载

6 项

01Sci-hub（推荐）常用常用打破学术壁垒，免费下载全球绝大多数付费论文。免费 02科研通（推荐）常用常用文献互助平台，通过社区力量解决疑难文献下载。互助 03GeenMedical国产文献下载平台，提供海量文献资源检索和下载。下载 04Scidown提供各类学术资源下载导航，无需翻墙。导航 05龙猫学术学术导航站，聚合了多个谷歌学术镜像和下载入口。导航 06文献部落不仅提供文献下载，还包括电子书和专利查询。电子书

3.2 文献管理与阅读

4 项

01Zotero（推荐）常用常用免费开源的文献管理工具，插件丰富，科研效率倍增。文献管理 02EndNote全球最经典的文献管理神器，科研人员必备的论文写作助手。文献管理 03小绿鲸专业的 SCI 文献阅读神器，支持全文翻译、笔记管理和文献分析。文献阅读 04靠岸学术AI 驱动的文献阅读与管理平台，提供文献摘要、翻译和分析功能。文献阅读

4. 专利相关

6 项

4.1 专利检索

3 项

01国家知识产权局常用常用中国官方专利检索系统，数据最权威。官方 02SooPAT强大的专利搜索引擎，界面友好，支持全文检索。搜索 03Espacenet欧洲专利局提供的全球专利检索数据库。全球

4.2 专利下载

3 项

01DrugFuture (CN)常用常用中国专利全文免费下载工具。下载 02DrugFuture (US)美国专利全文免费下载工具。下载 03DrugFuture (EU)欧洲专利全文免费下载工具。下载

5. 天然产物

23 项

5.1 波谱分析与结构鉴定

8 项

01微谱数据常用常用国内知名的核磁共振碳谱数据库。NMR 02GNPS常用常用全球天然产物社会分子网络，质谱数据分析神器。质谱 03NP-MRD天然产物磁共振数据库，用于结构鉴定。NMR 04SIRIUS顶尖的 AI 质谱分析工具，集成 CSI:FingerID，从高分辨 MS/MS 数据中直接预测代谢物结构。质谱 05SMART基于 NMR 的天然产物结构快速去重与识别工具。NMR 06DeepSAT深度学习辅助的谱图分析工具。AI 07DP5用于辅助核磁共振结构解析的概率预测工具。NMR 08Pep2Path将肽类质谱数据关联到基因组生物合成基因簇。肽

5.2 专属天然产物库

6 项

01CMNPD综合海洋天然产物数据库，挖掘海洋新颖骨架与高活性分子的权威平台。海洋 02TCMSP中药系统药理学数据库，收录海量中药有效成分及其靶点信息。中药 03KNApSAcK经典的物种-代谢物关系数据库，精准查询特定植物或微生物中的天然产物。植物 04NPEdia专注于天然产物及其生物活性的百科全书。百科 05NP Atlas微生物天然产物图谱，提供结构与来源信息。微生物 06DBAASP抗菌肽结构与活性数据库。抗菌肽

5.3 综合化学数据库

5 项

01PubChem常用常用NIH 提供的全球最大化学分子数据库。NIH 02SciFinder常用常用CAS 出品的权威化学研究平台，涵盖 2.75 亿+ 化学物质、1.5 亿+ 反应、5900 万+ 文献。CAS 03ChemSpider皇家化学会提供的免费化学结构数据库。RSC 04MoNA北美质谱库，全球最大的非靶向代谢组学和天然产物免费质谱数据库之一。质谱 05ChEBI生物学关注的小分子化学实体数据库。EBI

5.4 性质预测与辅助计算

4 项

01SwissADME极简直观的成药性、水溶性、透脑性及 ADME 预测工具，科研绘图首选。ADME 02SwissTargetPrediction基于反向药效团匹配原理，预测天然产物小分子在人体内的未知靶点蛋白。靶点预测 03ADMETlab 3.0全面评估药物的吸收、分布、代谢、排泄和毒性。药物设计 04ChemCalc化学计算器，快速计算分子式和同位素分布。工具

6. 基因工具

36 项

6.1 基因序列综合分析

13 项

01NCBI常用常用美国国家生物技术信息中心，生命科学核心门户。权威 02Augustus常用常用真核生物基因及内含子注释预测工具。基因预测 03Neurosnap基于 AI 的生物学综合分析平台。AI 04EBI ToolsEBI 提供的各类生物信息学在线工具集合。EBI 05国家基因组科学数据中心中国国家基因组科学数据中心，提供海量基因组数据资源。中国 06Ensembl极其强大的真核生物基因组浏览器和注释数据库，查找转录本首选。基因组 07TBtool强大的生物序列批量处理与分析工具。软件 08GTEx Portal基因组织表达数据库，研究基因在不同组织中的表达模式。基因表达 09GeneCards人类基因综合数据库，整合了基因功能、表达、变异等多源信息。人类基因 10IMP整合药用植物组学平台，收录1007个高质量植物基因组、8亿+基因及2158个转录组样本，提供基因注释、序列、功能、分布和表达等分析。植物 11SGD酿酒酵母基因组数据库，提供酵母基因序列、注释、功能、蛋白质等详细信息。酵母 12Nicomics华中农业大学开发的烟草基因组数据库，提供烟草基因组、转录组等组学数据。烟草 13DOE JGI美国能源部联合基因组研究所，提供 IMG、GOLD、Genome Portal 等微生物基因组数据库和 BBTools 序列处理工具。基因组

6.2 结构域与同源分析

5 项

01InterPro常用常用蛋白质家族、结构域和功能位点分类数据库。结构域 02HMMER常用常用基于隐马尔可夫模型的序列同源性搜索工具。同源性 03CD Search常用常用NCBI 保守结构域数据库搜索。NCBI 04eggNOG-Mapper基于 eggNOG 数据库的快速基因功能注释工具，支持 GO、KEGG、COG 等注释，比传统 BLAST 方法快 2-15 倍。功能注释 05SCOP2蛋白质结构分类数据库。结构

6.3 序列比对与进化树

5 项

01Clustal Omega常用常用快速且精确的多序列比对工具。比对 02MEGA常用常用分子进化遗传分析软件，构建进化树必备。进化树 03MAFFT高性能的多序列比对程序。比对 04Jalview用于编辑、可视化和分析多序列比对的软件。可视化 05iTOL在线系统发育树展示与注释工具。进化树

6.4 基因组与引物设计

3 项

01Circos用于可视化数据和信息的圆形图表软件，常用于绘制基因组。可视化 02Oligo Calc寡核苷酸性质计算器。引物 03IDT OligoAnalyzerIDT 提供的专业引物分析工具，分析二聚体和发卡结构。引物

6.5 基因编辑与 CRISPR

5 项

01CHOPCHOP常用常用哈佛大学开发，极易上手的 CRISPR/Cas (Cas9, Cpf1 等) sgRNA 设计与脱靶效应预测工具。CRISPR 02CRISPOR目前引用率最高的「金标准」工具之一，评估脱靶效应并直接输出克隆所需的引物序列。金标准 03Benchling CRISPR工业界最受欢迎的综合质粒与序列设计平台，内置极其强大的 CRISPR 导向 RNA 设计模块。综合平台 04Cas-OFFinder超高速搜索 CRISPR/Cas 脱靶位点，允许自定义错配数量（mismatches）和序列凸起（bulges）。脱靶分析 05Synthego Design全球领先的 CRISPR 公司提供的免费在线设计工具，特别擅长设计多重基因敲除实验。免费商业

6.6 质粒与克隆构建

2 项

01Addgene全球最大的非盈利性质粒共享库，查找验证过的质粒图谱、序列和骨架的必去之地。质粒 02NEBuilderNEB 官方提供的无缝克隆（Gibson Assembly / HiFi）引物设计神器。无缝克隆

6.7 表达元件与 RNA 分析

3 项

01RBS CalculatorSalis Lab 开发的合成生物学核心工具，极其精准地预测和设计核糖体结合位点（RBS），控制翻译速率。RBS 02BPROM经典的细菌启动子（Promoter）预测工具，寻找转录起始位点和 -10/-35 区域。启动子 03RNAfold预测 RNA 二级结构的标准工具，设计核糖开关（Riboswitch）或优化 mRNA 稳定性必备。RNA

7. 蛋白工具

70 项

7.1 蛋白综合分析平台

5 项

01Novopro常用常用纽谱生物提供的多肽与蛋白在线工具集。工具集 02Tamarind基于 AI 的蛋白质结构与功能分析平台。AI 03Expasy瑞士生物信息学研究所提供的蛋白质组学服务器。蛋白质组 04DTU Health Tech丹麦技术大学提供的生物信息学工具集，包括膜蛋白预测等。膜蛋白 05CD-HIT高效的蛋白质序列聚类工具，用于构建非冗余数据库。序列聚类

7.2 蛋白结构预测

14 项

01Swiss-Model常用常用全自动蛋白质同源建模服务器。同源建模 02Protenix常用常用专业的蛋白分析、结构预测与设计服务器。分析 03AlphaFold 3Google DeepMind 最新一代蛋白质结构预测模型。结构预测 04ColabFold无需本地算力，在浏览器中极速运行 AlphaFold2 预测蛋白及复合物结构的开源神器。结构预测 05Chai-1前沿的分子结构预测大模型，在预测蛋白质与小分子配体、核酸复合物方面具有顶尖精度。AI 06RoseTTAFold华盛顿大学 Baker 实验室开发的蛋白结构预测工具。结构预测 07ESMFoldMeta 开发的基于语言模型的快速蛋白结构预测。Meta 08I-TASSER迭代线程组装优化算法，蛋白质结构预测的经典工具。结构预测 09QUARK从头预测蛋白质结构的工具，适用于无同源模板的蛋白。从头预测 10RobettaBaker 实验室的蛋白结构预测服务器，支持单链和复合物预测。结构预测 11AWSEM基于原子可移动性的蛋白质结构预测工具。结构预测 12DSSP蛋白质二级结构预测和分类工具。二级结构 13Dali server基于蛋白质结构比对的网络服务器，用于搜索结构相似的蛋白质。结构比对 143D-Beacons Network整合多个蛋白质结构预测服务的网络平台。结构预测

7.3 分子对接

12 项

01AutoDock Vina常用常用速度更快、精度更高的开源分子对接引擎。对接 02AutoDock分子模拟与对接领域的标准软件。对接 03HDock混合算法蛋白-蛋白、蛋白-DNA/RNA 对接服务器。对接 04DiffDock基于扩散模型的分子对接工具。AI 05ClusPro波士顿大学开发的蛋白-蛋白对接服务器。蛋白对接 06CABS-dock华沙大学开发的多肽-蛋白对接工具。多肽对接 07HPEPDOCK华中科技大学开发的多肽-蛋白对接服务器。多肽对接 08Flexible Peptide DockingMeiler 实验室开发的多肽柔性对接服务器。柔性对接 09RPBS巴黎第七大学的生物分子模拟门户。分子模拟 10CavityPlus北京大学开发的蛋白空腔识别与药物结合位点预测工具。空腔识别 11ChemSAR化合物 SAR 分析与分子对接在线工具。SAR 12DeepScreening基于深度学习的虚拟筛选工具。虚拟筛选

7.4 蛋白序列与结构库

8 项

01UniProt常用常用通用蛋白质资源库，包含序列与功能信息。数据库 02RCSB PDB常用常用蛋白质数据银行，存储实验测定的生物大分子晶体结构。晶体 03NCBI ProteinNCBI 维护的蛋白质序列数据库。NCBI 04AlphaFold DBAlphaFold 预测的数亿个蛋白结构数据库。数据库 05STRING全球最大、最权威的已知和预测蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络数据库。PPI 06IntActEBI 提供的分子相互作用数据库。蛋白质相互作用 07The Human Protein Atlas人类蛋白质图谱计划，提供蛋白质在组织、细胞中的表达信息。人类蛋白 08OPMOrientations of Proteins in Membranes 数据库。膜蛋白

7.5 酶性质与定位预测

8 项

01SignalP常用常用预测蛋白质信号肽及其切割位点。信号肽 02DeepTMHMM常用常用基于深度学习的跨膜螺旋预测工具。跨膜 03ExpOptimizer密码子优化工具，提高异源表达水平。表达 04Protein-Sol预测蛋白质序列的可溶性，帮助湿实验人员提前避开形成包涵体的雷区。溶解度 05Rare Codon Analyzer分析基因序列中的稀有密码子。密码子 06PPSP蛋白质磷酸化位点预测工具。磷酸化 07GPS-SUMO蛋白质SUMO化修饰位点预测工具。SUMO化 08MAI-TargetFisher基于多尺度相互作用的多功能靶点预测工具。靶点预测

7.6 酶挖掘与功能注释

5 项

01EFI-EST常用常用酶相似性工具，用于构建序列相似性网络 (SSN)。SSN 02FoldSeek常用常用像 BLAST 一样快速的蛋白质结构搜索工具。结构搜索 03CLEAN基于对比学习的酶功能注释工具。AI 04EnzymeMiner基于深度学习的酶挖掘工具。酶挖掘 05MPEPE基于机器学习的蛋白酶活性与稳定性预测工具。蛋白酶

7.7 蛋白设计与改造

11 项

01FoldX常用常用用于计算突变对蛋白稳定性影响的工具。稳定性 02SaProt常用常用西湖大学开发的结构感知蛋白质语言模型。语言模型 03RFdiffusionBaker 实验室开发的基于扩散模型的蛋白质生成工具，能够从零设计全新结构的蛋白骨架。扩散模型 04ODesign基于深度学习的蛋白亲和力优化设计工具。亲和力 05BindCraft基于深度学习的蛋白-配体结合设计工具，能够从头设计结合特定小分子的蛋白质。配体结合 06CACLENS基于 AI 的蛋白质活性与稳定性优化平台。AI 07CATNIP基于机器学习的蛋白-配体结合亲和力预测工具。结合预测 08EZSpecificity酶特异性优化工具，用于设计和优化酶的底物特异性。酶特异性 09MPEK蛋白酶热稳定性与动力学参数预测工具。蛋白酶 10LigandMPNNProteinMPNN 的重磅升级版，支持包含小分子配体和金属离子的蛋白质序列设计。序列设计 11ProteinMPNN根据蛋白质结构设计序列的深度学习模型。序列设计

7.8 三维结构可视化

7 项

01PyMOL常用常用业界最经典的蛋白质分子可视化软件，功能强大，支持高质量论文级别图片渲染。可视化 02UCSF ChimeraX常用常用新一代分子可视化软件，支持高性能渲染和增强现实，是 UCSF Chimera 的升级版本。可视化 03Mol*极其流畅的 Web 端 3D 大分子结构可视化工具，也是 PDB 数据库官方指定的渲染引擎。3D 043Dmol.js轻量级的基于 WebGL 的分子可视化库，支持在浏览器中极速渲染结构。WebGL 05ESPript蛋白质序列比对结果的美化输出工具，生成出版级比对图。序列比对 06WebLogo创建序列 LOGO 图的可视化工具，展示保守性区域。序列LOGO 07colornamesUCSF Chimera 的颜色命名命令文档。可视化

8. 生物合成与代谢

32 项

8.1 BGC 挖掘与网络分析

13 项

01antiSMASH常用常用最权威的次级代谢基因簇挖掘与分析工具。挖掘 02BiG-SCAPE常用常用计算基因簇相似性并构建序列相似性网络 (GCF)。BGC 03FunBGCs常用常用真菌生物合成基因簇功能分析与挖掘工具。真菌 042ndFind常用常用次级代谢产物生物合成基因查找工具。搜索 05DeepSeMSAI 加速天然产物发现、生物合成途径鉴定与化学结构解析的 web server，基于 antiSMASH/DeepBGC 输出结果进行深度分析。AI 06DeepBGC基于深度学习的 BGC 挖掘工具，能够发现传统规则无法覆盖的新型未知「暗物质」基因簇。AI 07ARTS抗生素抗性靶点搜寻工具，用于发现新抗生素。抗生素 08SMBP次级代谢产物生物合成挖掘平台，提供基因簇预测与分析功能。BGC 09FunGeneClusterS真菌次级代谢基因簇挖掘与分析工具。真菌 10FunARTS针对真菌的抗生素抗性靶点搜寻工具。真菌 11BAGEL4专门用于挖掘细菌素和 RiPPs 的工具。细菌素 12RiPPMiner用于核糖体合成后修饰肽的自动挖掘与分析。RiPPs 13GenoCGLLM植物基因簇分析与比较基因组学平台。基因簇

8.2 结构域与底物预测

9 项

01CAGECAT常用常用同源基因簇快速检索与比较可视化的在线工具箱，适用于生物合成基因簇、基因组岛屿等基因组区段的比较分析。BGC 02DeepAden常用常用基于深度学习的 NRPS 腺苷化结构域底物预测工具。NRPS 03PKS/NRPS Analysis经典的 PKS 和 NRPS 结构域分析网站。PKS 04NaPDoS2基于系统发育关系快速检测和分类次级代谢结构域。分类 05NRPSpredictor2预测 NRPS 腺苷化结构域的底物特异性。NRPS 06SBSPKS用于聚酮合酶（PKS）结构与序列分析。PKS 07LassoPredLasso 肽结构域预测工具。Lasso 08PARASPKS/NRPS 腺苷化结构域底物特异性预测工具。NRPS 09NRPSTransformerNRPS/PKS 功能分析与产物预测平台。NRPS

8.3 代谢通路设计与逆向合成

4 项

01KEGG京都基因与基因组百科全书，代谢通路（Pathway）分析的绝对权威和核心底层数据库。代谢通路 02RetroBioCat极其强大的生物催化与计算机辅助逆向合成平台，通过酶促反应设计目标分子的合成路线。逆向合成 03BioCyc高度精选的代谢通路数据库（包含经典的 EcoCyc），提供极其详尽的单一物种代谢网络模型。代谢网络 04Selenzyme为人工设计的代谢途径自动匹配、打分并筛选最佳候选酶序列的在线服务器。酶筛选

8.4 BGC 与代谢模型数据库

6 项

01MIBiG常用常用已知功能的生物合成基因簇标准数据库。数据库 02antiSMASH DatabaseantiSMASH 预测的生物合成基因簇数据库。BGC 03DoBISCUIT日本 NITE 开发的 PKS/NRPS 生物合成基因簇数据库。PKS 04IMG-ABCJGI 开发的生物合成基因簇图谱。JGI 05BiGG Models全球最大的基因组尺度代谢网络模型（GEMs）精选数据库。GEMs 06Natural Products Discovery Center天然产物发现中心数据库。天然产物

9. 生物医药

9 项

9.1 药物数据库

5 项

01DrugBank最权威的药物靶点与药物相互作用数据库，提供全面的药物化学和药理学信息。药物 02ChEMBLEBI 提供的具有药物样性质的生物活性分子数据库。药物 03BindingDB蛋白质-配体结合亲和力数据库，是药物发现的重要资源。结合亲和力 04IUPHAR国际药理学协会提供的药物靶点和受体数据库。药理学 05ClinPGx临床药物基因组学数据库，提供药物基因组学临床应用指南。临床

9.2 癌症组学分析

4 项

01TCGA癌症基因组图谱计划，提供33种癌症的多组学数据。癌症 02cBioPortal癌症基因组学数据可视化和分析平台。癌症 03GEPIA北京大学开发的癌症基因表达分析平台。基因表达 04LINCSLINCS 细胞信号网络数据库，记录基因扰动后的表达变化。细胞信号

10. 实验耗材与试剂

10 项

10.1 化学试剂与耗材

7 项

01ChemicalBook化学信息检索平台，提供 CAS 号、物理化学性质、供应商信息查询。化学 02阿拉丁综合性化学试剂供应商。试剂 03麦克林国产化学试剂平台。试剂 04国药国药集团化学试剂。试剂 05索莱宝国产知名生物试剂品牌。试剂 06Sigma-Aldrich全球领先的化学试剂供应商。试剂 07Thermo Fisher Scientific全球最大的科学服务供应商。试剂

10.2 生物试剂与服务

2 项

01淼灵常用常用国产生物试剂平台。质粒 02TargetMol全球领先的生物试剂供应商。试剂

10.3 微生物菌种资源

1 项

01中国普通微生物菌种保藏管理中心国内最大的微生物菌种保藏机构。菌种

11. 科研绘图

8 项

01ImageGP 2.0在线科研绘图工具，简单粘贴数据即可出图。在线 02Hiplot国产综合性科研绘图平台，支持多种图表类型。绘图 03Figdraw国产在线科研绘图工具，提供丰富的素材模板。绘图 04BioRender生物医学领域的「Canva」，拥有海量精美素材。绘图 05BioDraw另一款生物绘图工具，适合绘制通路图。绘图 06Plottie新兴的科研绘图平台。绘图 07Eryphonix免费的科研绘图工具，提供丰富的生物科学模板和素材。绘图 08EVenn在线韦恩图绘制工具，支持多组数据交集分析。韦恩图

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