通往合成生物学之路

OpenAI 最强通用模型，科研润色、逻辑推理首选。

Google 多模态大模型，擅长长文本处理与文献分析。

开发者版 Gemini，可免费使用 Pro 模型，上下文窗口大。

xAI 推出的模型，具备实时推特信息流接入能力。

结合实时联网搜索的 AI，精准提供文献出处。

深度求索，国产开源模型之光，代码与数学能力极强。

无广告的 AI 搜索引擎，结构化展示搜索结果。

字节跳动出品，语音交互体验好，适合日常问答。

月之暗面出品，支持超长无损上下文，擅长读长论文。

阿里巴巴出品，综合能力强，适合商业与文档分析。

全球最大的学术文献索引数据库，科研必备。

NIH 维护的生物医学文献数据库，是生命科学领域最权威的文献检索平台。

全球最权威的学术引文数据库，科研评价与文献调研必备。

AI 驱动的免费学术搜索引擎，提供精准的文献一句话总结 (TLDR) 和引用意图分析。

综合性学术平台，提供文献资讯、学术社区和科研功能。

微软必应推出的学术搜索，界面简洁，资源覆盖广。

中国最大的中文学术文献库，查硕博论文必备。

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汇聚海量中英文文献，提供免费的论文查重入口。

读 PDF 文献的神器。自带 AI Copilot，可划词翻译、解释图表公式、总结核心结论。

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提供各类学术资源下载导航，无需翻墙。

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不仅提供文献下载，还包括电子书和专利查询。

全球最经典的文献管理神器，科研人员必备的论文写作助手。

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专业的 SCI 文献阅读神器，支持全文翻译、笔记管理和文献分析。

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欧洲专利局提供的全球专利检索数据库。

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国内知名的核磁共振碳谱数据库。

天然产物磁共振数据库，用于结构鉴定。

全球天然产物社会分子网络，质谱数据分析神器。

顶尖的 AI 质谱分析工具，集成 CSI:FingerID，从高分辨 MS/MS 数据中直接预测代谢物结构。

基于 NMR 的天然产物结构快速去重与识别工具。

深度学习辅助的谱图分析工具。

用于辅助核磁共振结构解析的概率预测工具。

将肽类质谱数据关联到基因组生物合成基因簇。

综合海洋天然产物数据库，挖掘海洋新颖骨架与高活性分子的权威平台。

中药系统药理学数据库，收录海量中药有效成分及其靶点信息。

经典的物种-代谢物关系数据库，精准查询特定植物或微生物中的天然产物。

专注于天然产物及其生物活性的百科全书。

微生物天然产物图谱，提供结构与来源信息。

抗菌肽结构与活性数据库。

NIH 提供的全球最大化学分子数据库。

皇家化学会提供的免费化学结构数据库。

北美质谱库，全球最大的非靶向代谢组学和天然产物免费质谱数据库之一。

生物学关注的小分子化学实体数据库。

极简直观的成药性、水溶性、透脑性及 ADME 预测工具，科研绘图首选。

基于反向药效团匹配原理，预测天然产物小分子在人体内的未知靶点蛋白。

全面评估药物的吸收、分布、代谢、排泄和毒性。

化学计算器，快速计算分子式和同位素分布。

基于 AI 的生物学综合分析平台。

EBI 提供的各类生物信息学在线工具集合。

美国国家生物技术信息中心，生命科学核心门户。

中国国家基因组科学数据中心，提供海量基因组数据资源。

极其强大的真核生物基因组浏览器和注释数据库，查找转录本首选。

强大的生物序列批量处理与分析工具。

基因组织表达数据库，研究基因在不同组织中的表达模式。

人类基因综合数据库，整合了基因功能、表达、变异等多源信息。

整合药用植物组学平台，收录1007个高质量植物基因组、8亿+基因及2158个转录组样本，提供基因注释、序列、功能、分布和表达等分析。

蛋白质家族、结构域和功能位点分类数据库。

基于隐马尔可夫模型的序列同源性搜索工具。

NCBI 保守结构域数据库搜索。

蛋白质结构分类数据库。

快速且精确的多序列比对工具。

高性能的多序列比对程序。

用于编辑、可视化和分析多序列比对的软件。

分子进化遗传分析软件，构建进化树必备。

在线系统发育树展示与注释工具。

用于可视化数据和信息的圆形图表软件，常用于绘制基因组。

寡核苷酸性质计算器。

IDT 提供的专业引物分析工具，分析二聚体和发卡结构。

真核生物基因及内含子注释预测工具。

哈佛大学开发，极易上手的 CRISPR/Cas (Cas9, Cpf1 等) sgRNA 设计与脱靶效应预测工具。

目前引用率最高的「金标准」工具之一，评估脱靶效应并直接输出克隆所需的引物序列。

工业界最受欢迎的综合质粒与序列设计平台，内置极其强大的 CRISPR 导向 RNA 设计模块。

超高速搜索 CRISPR/Cas 脱靶位点，允许自定义错配数量（mismatches）和序列凸起（bulges）。

全球领先的 CRISPR 公司提供的免费在线设计工具，特别擅长设计多重基因敲除实验。

全球最大的非盈利性质粒共享库，查找验证过的质粒图谱、序列和骨架的必去之地。

国产生物试剂平台，提供质粒构建、蛋白表达等综合服务。

NEB 官方提供的无缝克隆（Gibson Assembly / HiFi）引物设计神器。

Salis Lab 开发的合成生物学核心工具，极其精准地预测和设计核糖体结合位点（RBS），控制翻译速率。

经典的细菌启动子（Promoter）预测工具，寻找转录起始位点和 -10/-35 区域。

预测 RNA 二级结构的标准工具，设计核糖开关（Riboswitch）或优化 mRNA 稳定性必备。

基于 AI 的蛋白质结构与功能分析平台。

纽谱生物提供的多肽与蛋白在线工具集。

瑞士生物信息学研究所提供的蛋白质组学服务器。

丹麦技术大学提供的生物信息学工具集，包括膜蛋白预测等。

高效的蛋白质序列聚类工具，用于构建非冗余数据库。

Google DeepMind 最新一代蛋白质结构预测模型。

无需本地算力，在浏览器中极速运行 AlphaFold2 预测蛋白及复合物结构的开源神器。

前沿的分子结构预测大模型，在预测蛋白质与小分子配体、核酸复合物方面具有顶尖精度。

全自动蛋白质同源建模服务器。

华盛顿大学 Baker 实验室开发的蛋白结构预测工具。

Meta 开发的基于语言模型的快速蛋白结构预测。

专业的蛋白分析、结构预测与设计服务器。

迭代线程组装优化算法，蛋白质结构预测的经典工具。

从头预测蛋白质结构的工具，适用于无同源模板的蛋白。

Baker 实验室的蛋白结构预测服务器，支持单链和复合物预测。

基于原子可移动性的蛋白质结构预测工具。

蛋白质二级结构预测和分类工具。

基于蛋白质结构比对的网络服务器，用于搜索结构相似的蛋白质。

整合多个蛋白质结构预测服务的网络平台。

分子模拟与对接领域的标准软件。

速度更快、精度更高的开源分子对接引擎。

混合算法蛋白-蛋白、蛋白-DNA/RNA 对接服务器。

基于扩散模型的分子对接工具。

波士顿大学开发的蛋白-蛋白对接服务器。

华沙大学开发的多肽-蛋白对接工具。

华中科技大学开发的多肽-蛋白对接服务器。

Meiler 实验室开发的多肽柔性对接服务器。

巴黎第七大学的生物分子模拟门户。

北京大学开发的蛋白空腔识别与药物结合位点预测工具。

化合物 SAR 分析与分子对接在线工具。

基于深度学习的虚拟筛选工具。

通用蛋白质资源库，包含序列与功能信息。

NCBI 维护的蛋白质序列数据库。

AlphaFold 预测的数亿个蛋白结构数据库。

蛋白质数据银行，存储实验测定的生物大分子晶体结构。

全球最大、最权威的已知和预测蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络数据库。

EBI 提供的分子相互作用数据库，用于研究蛋白质-蛋白质相互作用。

人类蛋白质图谱计划，提供蛋白质在组织、细胞中的表达信息。

Orientations of Proteins in Membranes 数据库，分析膜蛋白取向。

密码子优化工具，提高异源表达水平。

预测蛋白质序列的可溶性，帮助湿实验人员提前避开形成包涵体的雷区。

预测蛋白质信号肽及其切割位点。

基于深度学习的跨膜螺旋预测工具。

分析基因序列中的稀有密码子。

蛋白质磷酸化位点预测工具。

蛋白质SUMO化修饰位点预测工具。

基于多尺度相互作用的多功能靶点预测工具。

酶相似性工具，用于构建序列相似性网络 (SSN)。

像 BLAST 一样快速的蛋白质结构搜索工具。

基于对比学习的酶功能注释工具。

基于深度学习的酶挖掘工具，可根据功能需求自动挖掘和设计目标酶序列。

基于机器学习的蛋白酶活性与稳定性预测工具。

Baker 实验室开发的基于扩散模型的蛋白质生成工具，能够从零设计全新结构的蛋白骨架。

基于深度学习的蛋白亲和力优化设计工具。

基于深度学习的蛋白-配体结合设计工具，能够从头设计结合特定小分子的蛋白质。

基于 AI 的蛋白质活性与稳定性优化平台。

基于机器学习的蛋白-配体结合亲和力预测工具。

酶特异性优化工具，用于设计和优化酶的底物特异性。

蛋白酶热稳定性与动力学参数预测工具。

ProteinMPNN 的重磅升级版，支持包含小分子配体和金属离子的蛋白质序列设计。

根据蛋白质结构设计序列的深度学习模型。

用于计算突变对蛋白稳定性影响的工具。

西湖大学开发的结构感知蛋白质语言模型。

业界最经典的蛋白质分子可视化软件，功能强大，支持高质量论文级别图片渲染。

新一代分子可视化软件，支持高性能渲染和增强现实，是 UCSF Chimera 的升级版本。

极其流畅的 Web 端 3D 大分子结构可视化工具，也是 PDB 数据库官方指定的渲染引擎。

轻量级的基于 WebGL 的分子可视化库，支持在浏览器中极速渲染结构。

蛋白质序列比对结果的美化输出工具，生成出版级比对图。

创建序列 LOGO 图的可视化工具，展示保守性区域。

UCSF Chimera 的颜色命名命令文档。

最权威的次级代谢基因簇挖掘与分析工具。

基于深度学习的 BGC 挖掘工具，能够发现传统规则无法覆盖的新型未知「暗物质」基因簇。

计算基因簇相似性并构建序列相似性网络 (GCF)。

抗生素抗性靶点搜寻工具，用于发现新抗生素。

次级代谢产物生物合成挖掘平台，提供基因簇预测与分析功能。

真菌次级代谢基因簇挖掘与分析工具。

针对真菌的抗生素抗性靶点搜寻工具。

真菌生物合成基因簇功能分析与挖掘工具。

次级代谢产物生物合成基因查找工具。

专门用于挖掘细菌素和 RiPPs 的工具。

用于核糖体合成后修饰肽的自动挖掘与分析。

经典的 PKS 和 NRPS 结构域分析网站。

基于系统发育关系快速检测和分类次级代谢结构域。

预测 NRPS 腺苷化结构域的底物特异性。

用于聚酮合酶（PKS）结构与序列分析。

真菌次级代谢基因簇分析与可视化平台。

Lasso 肽结构域预测工具。

PKS/NRPS 腺苷化结构域底物特异性预测工具。

基于深度学习的 NRPS 腺苷化结构域底物预测工具。

NRPS/PKS 功能分析与产物预测平台。

京都基因与基因组百科全书，代谢通路（Pathway）分析的绝对权威和核心底层数据库。

极其强大的生物催化与计算机辅助逆向合成平台，通过酶促反应设计目标分子的合成路线。

高度精选的代谢通路数据库（包含经典的 EcoCyc），提供极其详尽的单一物种代谢网络模型。

为人工设计的代谢途径自动匹配、打分并筛选最佳候选酶序列的在线服务器。

已知功能的生物合成基因簇标准数据库。

antiSMASH 预测的生物合成基因簇数据库。

日本 NITE 开发的 PKS/NRPS 生物合成基因簇数据库。

JGI 开发的生物合成基因簇图谱。

全球最大的基因组尺度代谢网络模型（GEMs）精选数据库，代谢工程建模必查。

天然产物发现中心数据库。

最权威的药物靶点与药物相互作用数据库，提供全面的药物化学和药理学信息。

EBI 提供的具有药物样性质的生物活性分子数据库。

蛋白质-配体结合亲和力数据库，是药物发现的重要资源。

国际药理学协会提供的药物靶点和受体数据库。

临床药物基因组学数据库，提供药物基因组学临床应用指南。

癌症基因组图谱计划，提供33种癌症的多组学数据。

癌症基因组学数据可视化和分析平台。

北京大学开发的癌症基因表达分析平台。

LINCS 细胞信号网络数据库，记录基因扰动后的表达变化。

在线科研绘图工具，简单粘贴数据即可出图。

国产综合性科研绘图平台，支持多种图表类型。

国产在线科研绘图工具，提供丰富的素材模板。

生物医学领域的「Canva」，拥有海量精美素材。

另一款生物绘图工具，适合绘制通路图。

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